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政府は28日夕、熊本県で最大震度7を観測した地震を受け、災害対策基本法に基づき高市早苗首相を本部長とする非常災害対策本部を設置した。首相は官邸で開いた初回の本部会議で「この重大な局面にあたり人命第一の方針の下、政府が総力を挙げて対策を講じる必要がある」と述べ、一刻も早い被害情報の把握や救命救助、良好な避難環境の確保などを関係省庁に指示した。
首相は、熊本県知事からの自衛隊に対する災害派遣要請を受け、約3600人態勢で被災地での活動を順次実施していると明らかにした。「現地で警察、消防、海上保安庁、自衛隊の各部隊が救命救助活動にあたっている」と説明し、「災害応急対策に夜を徹して全力で取り組んでほしい」と語った。
政府は地震発生直後、官邸の危機管理センターに官邸対策室を設置し、関係省庁の局長級による緊急参集チームを招集。被災状況などを把握するため、被災地に内閣府の調査チームを派遣した。
小泉進次郎防衛相は、本部会議に先立ち防衛省で記者団の取材に応じ、情報収集のために自衛隊のF2戦闘機やヘリを展開しているほか、熊本、福岡、長崎、佐賀の4県庁に連絡官を派遣したと説明した。
木原稔官房長官は臨時記者会見で、熱中症対策を呼び掛けるとともに、政府としてインターネット上の虚偽情報への対策をプラットフォーム事業者に要請したと明らかにした。「避難行動や災害対応に影響が出る恐れもあるため、虚偽情報の流布は決して許されるものではなく、厳に慎んでもらいたい」とし、政府や自治体、報道機関の情報を確認するよう求めた。